Johannes de Yepes Álvarez, dritter Sohn eines wegen seiner bürgerlichen Heirat verstoßenen Adligen, verlor schon in jungen Jahren seinen Vater und wuchs mit der Mutter in ärmlichen Verhältnissen auf. Er lernte weder Lesen noch Schreiben, mehrere Versuche einer Ausbildung in einem Handwerk scheiterten; schließlich wurde er Pfleger im Armenkrankenhaus von Medina del Campo, arbeitete mit großem Eifer und war bei den Kranken sehr beliebt. Nebenbei besuchte er ab seinem 17. Lebensjahr Kurse im örtlichen Jesuitenkolleg. Zur Ausbildung gehörte dort auch die Praxis der Poesie, die in Johannes‘ späteren Werken fruchtbar wurde.
1563 verließ Johannes heimlich das Hospital und schloss sich in Medina del Campo dem Karmeliterorden an. Als Novize dichtete er – heute verschollene – Danklieder auf Maria. Er konnte ab 1564 Theologie und Philosophie in Salamanca studieren und wurde 1568 zum Priester geweiht. Die Ordnung im Karmeliterorden genügte aber nicht seinen strengen Vorstellungen, er erwog, sich den Kartäusern anzuschließen, bis er 1567 Teresa von Ávila kennen lernte. Sie hatte aufgrund ähnlicher Vorstellungen mit der Gründung des Klosters San José in Ávila ihr Reformwerk im Karmeliterorden begonnen; er unterstützte nun ihr Werk, nahm den Namen Johannes vom Kreuz an und praktizierte ab 1568 – gegen den entschiedensten Widerstand seiner Ordensoberen – im Kloster Duruelo bei Blascomillan nahe Ávila 1 zunächst allein, dann mit einem Gefährten, schließlich mit weiteren Gefährten ein Leben als strenger Eremit.
Die erste Gründung eines neuen Klosters nach diesem Vorbild erfolgte 1570 im nahen Mancera de Abajo bei Ávila. 1600 verließen die Brüder dieses Kloster und zogen um nach Ávila. Wenig später bezogen Franziskaner dieses Kloster, 1835 wurde es in der Säkularisation aufgelst, bis Maria von den Wundern Jesu das Kloster 1943 wieder belebte; es wird bis heute von Unbeschuhten Karmelitinnen bewohnt. Es folgten durch Johannes die Gründungen in Pastrana bei Guadalajara und in Alcalá de los Gazules. In Ávila wirkte Johannes als Subprior, Novizenmeister, Rektor, Spiritual und Beichtvater sowie als geistlicher Führer und Ratgeber für Teresa von Ávila. In alledem konnte er das Reformwerk erfolgreich befördern, dabei erwies er sich als talentierter Organisator des neuen Ordenszweiges.
Die Widerstände gegen die Reformer Johannes und Teresa von Ávila wurden immer stärker, die Inquisition brachte Johannes wegen Überschreitung seiner Zuständigkeiten 1577 in ein Gefängnis des Ordens nach Toledo. Die Schikanen und Qualen dort führten bei Johannes zur tiefen mystischen Erfahrung und zu deren dichterisch ausgestalteter schriftlicher Fixierung. Nach neun Monaten floh er in das abgelegene Kloster Calvario in Escalante bei Laredo. Die Erneuerung im Orden ging nun gezielt weiter, der Konflikt wurde durch die Trennung in beschuhte und unbeschuhte Karmeliten gelöst; der letztere, strenge Zweig wurde dann das Arbeitsfeld von Johannes.
Johannes wurde 1579 Rektor am Kolleg in Baeza, 1581 Prior im Kloster in Granada und im dort neu eröffneten Kloster im Campo de los Martires, wo er seinen älteren Bruder Francisco aufnahm und als Maurer arbeiten ließ – einige der Zedern im Park sollen noch von Johannes selbst gepflanzt worden sein. 1588 wurde er Prior des zentralen Klosters der Unbeschuhten Karmeliter in Segovia; viermal erschien ihm dort Christus mit Botschaften. Seine Fähigkeit zu charismatischer Seelenführung machte Johannes berühmt, er aber wollte das verbergen; als ein Mitbruder das Ausdringen von Licht aus dem Beichtstuhl beobachtete, erhielt er auf seine Frage die Antwort Schweig, du Narr, sprich nicht davon.
Der Generalvikar der Unbeschuhten Karmeliten rühmte Johannes: seine Worte seien wie Gewürzkörner, die den Appetit anregen und Wärme geben. Der Generalvikar legte sich im Kloster in Segovia ein sechsköpfiges Beratergremium zur Leitung des Ordens zu, Johannes wurde erster der Berater und Stellvertreter des Ordensoberen. In Konflikten über die Führung der Nonnenklöster und bei Auseinandersetzungen über den Vorgänger des Ordensoberen sah Johannes die Gerechtigkeit verletzt, protestierte und sollte deshalb alle Ämter verlieren; er bot an, eine Missionarsgruppe nach Mexiko zu führen, was aber an gesundheitlichen Problemen scheiterte und zog sich schließlich ins Kloster nach La Peñuela zurück, um dort als einfacher Mönch zu leben.
Durch seine Wunderkraft löschte Johannes hier einen Brand und verscheuchte ein Unwetter. Ein ehemaliger Schüler, der einen von Juan erhaltenen Tadel nicht vergessen konnte, versuchte nun, ihn aus dem Orden zu stoßen. In manchen Klöstern wurden Johannes‘ Schriften verbrannt. Im Herbst 1591 plagte ihn anhaltendes Fieber; zur Pflege nahm ihn das Kloster in Úbeda auf, aber auch dort erlitt er Schmähungen und feindselige Behandlung durch den Prior. In der Nacht seines Sterbens erschien über seinem Kopf eine leuchtende Kugel, die die Kerzen im Zimmer weit überstrahlte.
Johannes schuf eines der umfassendsten Werke der Mystik. Sein Subida al Monte Carmelo, Aufstieg zum Berg Karmel, beschreibt die menschliche Mitwirkung an der Reinigung durch theologische Tugenden. In seinem bekanntesten mystischen Gedichtswerk, Noche oscura del alma, Die dunkle Nacht der Seele, beschrieb er das Trachten der Seele nach der Vereinigung mit Gott, die sie durch eine zu Kreuzigung und Auferstehung Christi parallele Erfahrung erreicht. Zu den schönsten Gedichten gehört der im Gefängnis entstandene Cántico espiritual, Geistlicher Gesang, auch Das Lied der Liebe genannt, ein Wechselgesang zwischen Braut und Bräutigam, der an das alttestamentliche Hohelied erinnert, und die drei Stufen des Weges zur mystischen Vereinigung mit Gott darstellt, wobei auch gewagte erotische Bilder nicht gemieden werden. Llama de amor viva, Lebendige Liebesflamme, 1585 verfasst, ist eine Schilderung der Johannes zuteil gewordenen Begegnungen mit Gott als Erfüllung von Mystik.
Als seine Quellen nannte Johannes seine Erfahrungen und die Wissenschaft unter Führung des Heiligen Geistes. Aus Angst vor der Inquisition veröffentlichte er seine Werke nicht zu Lebzeiten, vor seinem Tod überarbeitete er sie, teilweise mehrfach. Eine erste Veröffentlichung erschien 1618 in Alcalá de Henares. Johannes‘ Gedichte sind Ausdruck höchster mystischer Erfahrung, zugleich höchster poetischer Vollkommenheit, gepaart mit Treue zur biblischen Überlieferung. Weil das Geschaffene keinen Vergleich mit der Absolutheit Gottes bietet, bieten Sinne und Vernunft keine Möglichkeit der Begegnung mit Gott. Nur das Freiwerden der Seele, die Nacht von Sinn und Geist, das völlige Leerwerden des Menschen, der Verzicht auf alles menschenmögliche Erkennen, die völlige Verneinung aller Begierden – das eröffnet das Licht, das dann zwangsläufig zu scheinen beginnt. So wichtig dabei der Glaube ist: erst die Liebe ist Anfang und Vollendung des mystischen Weges.
Johannes gilt als der wichtigste Kirchenlehrer der mystischen Theologie, Papst Pius nannte seine Schriften ein Gesetzbuch und Schule der gläubigen Seele. Reliquien liegen u.a. im Kloster der unbeschuhten Karmeliter in Granada.
Johannes wurde in der Kirche seines Klosters in Segovia bestattet; nach der Seligsprechung von 1675 wurden seine Gebeine in die 1692 dafür errichtete Kapelle der Klosterkirche übertragen. An der Stelle von Johannes‘ Geburtshaus in Fontiveros bei Ávila wurde um 1673 eine erste Kapelle errichtet und 1723 ein Kloster der Unbeschuhten Karmeliter angeschlossen, das 1830 in der Säkularisation aufgelöst wurde; die Kapelle wurde 1873 zur heutigen Kirche umgebaut.
Kanonisation: Johannes wurde am 25. Januar 1675 durch Papst Clemens X: selig- und am 27. Dezember 1726 durch Papst Benedikt XIII. heiliggesprochen, 1926 wurde er durch Papst Pius XI. zum Kirchenlehrer ernannt.
Attribute: Adler, Kreuz, Ketten, Marienbild
Patron der spanischen Dichter und Schriftsteller
Gebet zum Heiligen
Johannes vom Kreuz
Mein sind die Himmel und mein ist die Erde; mein sind die Völker, die Gerechten sind mein, und mein sind die Sünder; die Engel sind mein und die Mutter Gottes ist mein und alle Dinge sind mein, und Gott selbst ist mein und für mich, denn Christus ist mein und mein Ein und alles für mich. Was ersehnst und suchst du also noch, meine Seele? Dein ist all dies, und alles ist für dich.
Amen