Franziskus Johannes, Sohn einer armen Familie, trat 1931 ins damalige Priesterseminar in Gorizia ein. 1936 wurde er in der Kathedrale in Triest zum Priester geweiht und arbeitete dann als Kaplan und Vikar, der sich in der Jugendarbeit engagierte und verschiedene Zweige der Katholischen Aktion im seit 1919/1920 zu Italien gehörenden Istrien gründete. Ab 1939 war er Pfarrer an der Kirche Sveti Stjepan bei Buje und versah trotz Asthma, anhaltendem Husten und chronischen Lungenproblemen eifrig seinen Dienst.
Nachdem Italien sich 1943 vom Faschismus lossagte und sich den Alliierten anschloss, besetzte die deutsche Wehrmacht Italien, aber schon 1943 erlangten jugoslawische Partisanen unter Josip Broz Tito in Istrien große Erfolge gegen die Besatzer, nach dem Kriegsende 1945 gehörte Istrien zur zweiten Republik Jugoslawien. Die jugoslawische Partisanenarmee verübte eine Welle von Massakern, meist unter bekannten Faschisten oder Antikommunisten, Angehörigen der italienischen und deutschen Exekutivorgane sowie Kollaborateuren mit den Deutschen – die so genannten Foibe-Massaker, denn die Opfer wurden in als Foiben bezeichnete Karsthöhlen geworfen, oftmals bei lebendigem Leibe.
Franziskus Johannes wehrte sich vehement gegen die neuen kommunistischen Herrscher. Er wusste um die Gefahr für sich, ließ sich aber nicht einschüchtern. Am 10. September kam die Nachricht zur Ergreifung von Widerstand leistenden Priestern; er wurde dann ergriffen, gefoltert und erstochen, schließlich sein Leichnam in die Karsthöhle Martinesi geworfen – nach anderer Version verbrannt, andere Berichte sagen, dass er gesteinigt, mit einem Messer verletzt und erschossen wurde. In der Liste der Opfer der Foibe-Massaker ist er nicht verzeichnet.
Franziskus Johannes‘ Leichnam wurde nie gefunden.
Franziskus Johannes Bonifacio wurde am 4. Oktober 2008 durch Erzbischof Angelo Amato im Auftrag von Papst Franziskus in der Kathedrale in Triest seliggesprochen.
Gebet zum Seligen Francesco Giovanni Bonifacio
Seliger Francesco Giovanni Bonifacio gib uns den Mut, den du in all deinem Leiden hattest, damit wir unser Leiden mit deinem vereinen und Gott die Ehre geben können. Hilf uns, alle seine Gebote und die der Kirche zu befolgen, damit das Opfer unseres Herrn nicht vergeblich war und alle Sünder der Welt gerettet werden